药店价格比网上更贵是因为药店有权自主决定销售价格，有时候还会捆绑销售一些药品，还要覆盖租金和人工成本，导致同样的药，药店价格更贵一些。药店的药价受到《价格法》等的约束，不得低价倾销、价格歧视、价格串通、哄抬价格等。
实体药店的运营方式和线上售药存在很大的差距，为了吸引消费者，通常实体药店会选择人流量较大的地段，雇佣具备一定药品知识的专业工作人员，线上售药则无需承担这些成本，他们只要保障店铺能够正常运营就可以，甚至有些时候一名工作人员就能完成全部的工作。药师在给顾客推荐药物时往往会优先考虑任务品种和毛利率更高的药品，这也是造成很多人觉得实体药店价格更贵的原因之一。
