蒋介石知道阎锡山回来后，很担心晋绥军东山再起。再加上，率领的察哈尔同盟军抗日的吉鸿昌是冯玉祥旧部。蒋也担心西北军会东山再起。于是，蒋便干涉察哈尔抗战。先是整垮了察哈尔同盟军，然后又任命孙殿英为青海屯垦督办，令其率部前往青海屯垦。
孙殿英一直就有占地为王的梦想。现在他无处可去，蒋又让他去青海屯垦，于是他就屁颠屁颠的上路了，带着七万大军走上了一条不归之路。
为什么说这是不归路呢？
因为当时青海，已经有地方军阀了，即所谓的西北四马。（青海马步青、马步芳。宁夏马鸿宾、马鸿逵）
蒋让孙去青海，明显就是借刀杀人，让孙殿英和四马内耗。
所以，四马在接到蒋的电令后，直接就违抗了命令，联起手来跟孙殿英大战了一场。
这一战，孙殿英七万人，马家军四万人。
兵力上，孙殿英占优。但因为孙殿英的部队都是杂牌武装，而四马都是精锐。所以几番恶战下来，孙殿英被马家军打得惨败。只好灰溜溜的下令撤退，准备退回察哈尔。
而在撤退期间，孙殿英又遭重创。阎锡山在蒋介石授意下，拦住了孙殿英退路，逼孙殿英缴械投降。
当年被拦在山海关下，进不能进，退不能退的一幕再次重现。孙殿英无奈，只好下令缴械投降。
事后，蒋介石撤销了孙部番号，撤销了孙殿英的军长职务。孙殿英逃亡太原隐居，他的残部被阎锡山收编。
在太原隐居一年后，华北风云突变。由于日军在冀东咄咄逼人，威胁平津，时任平津最高军政长官的宋哲元便邀请孙殿英出山，但任冀北保安司令。孙殿英也因此获得了咸鱼翻身的机遇。
七七事变后，宋哲元率29军退出平津。平津一时无主，孙殿英便发挥自己最擅长的老本行，通过重收容大批由北平溃退下来的士兵、警察、土匪，很快又拉起一支四千人的队伍。
后来孙殿英感到平津待不下去了，就脱离了宋哲元。独自撤退到冀南发展，队伍也很快就扩张到一万多人。
1938年，孙殿英感觉部队没番号不行，就托人与军统联系。联系上后，孙殿英请老朋友戴笠牵线搭桥，求见蒋介石。
换一般时间，蒋不会见孙殿英。但当时正是抗战如火如荼的时候，蒋也需要孙殿英这种人为抗战出力，便亲自面见了孙殿英，授其暂编第五军番号。
于是孙殿英在第N落马后，又第N次捞到了编制，得到了中央的正式委任。
回到部队后，孙殿英把部队从河北撤到太行山区，并投靠二十四集团军司令庞炳勋。
庞炳勋也是杂牌出身，而且他名为集团军总司令，实际上能指挥的兵力并不多，经常只有一到两个师，因此对于孙殿英，庞炳勋还是很照顾的。
后来在庞炳勋的庇护下，孙殿英在豫北晋南一带混的是风生水起。他抗日，但和日本人又有利益来往；他帮八路军解决服装弹药，但和八路又搞摩擦；他打着国军旗号发展，可重庆方面无法直接指挥他。
他当时在自己军部附近开了三个招待所，分别招待国民党、共产党和日本人，被时人笑称为“狡兔三窟”。
不过，这种好日子在1943年就到头了。
这一年，日军集中重兵围剿庞炳勋部。
庞炳勋懒得抵抗，就带的司令部逃跑，让各军自行抵抗。自己想办法。
孙殿英见日军铁壁合围，无路可逃，就索性心一横，投了日本人，当了汉奸。
后来他听说庞司令也没逃出包围圈，躲在一个山洞里，就对日本人自告奋勇，设计诱降了庞炳勋，让自己的上司也当了汉奸。
（与日军合影的孙殿英）
1945年8月，日本投降后，由于要用人，蒋介石没有追究孙殿英投日的罪行，而是继续对他委以重用，让他担任第三纵队司令，主要进攻晋冀鲁豫根据地的八路军。
孙殿英领命后，为了表忠心，在辖区内疯狂抓民夫，拆民房，构筑工事，并与八路军多次爆发激战。
1947年春，中原野战军南下，围攻挡路的孙殿英，孙据险抵抗，但他哪是中野的对手？
在抵抗了一个月后，孙部被中野团灭。孙殿英本人也被解放军俘虏。
当时有很多人给中野领导写信，要求杀了孙殿英，但中野领导人考虑到孙殿英在抗战期间有功，便没有杀他，而是把他解送到了战俘营看管。
