李自成攻进北京后，明官们遭受了灭顶之灾，农民军对他们四处抄家逼饷，刘宗敏制作了五千具夹棍，“木皆生棱，用钉相连，以夹人无不骨碎。”据说共搜出白银3700万两，黄金150万两，许多官员被酷刑折磨而死，李自成部下“杀人无虚日”，短短数日死者有1600余人，整个京师笼罩在恐怖的气氛中。那么，李自成是如何处置崇祯皇帝的呢？
一、李自成破城而入时，崇祯帝并没有坐以待毙等着被羞辱。
1644年4月。
北京城下炮火滚滚震耳欲聋，李自成起义大军的狂呼呐喊声不绝于耳，历经276年，传了16帝的明王朝面临灭顶之灾。此时34岁的崇祯帝愁容满面，心如刀绞，在奉先殿坐立不安，他苦苦盼着吴三桂率大军来“勤王”，但都半个月了也没等来吴三桂。内忧外患折磨得他快要疯掉了。十七年来，他披肝沥胆，虽成为历史上罕见的勤政之君，但无论如何也无法逃脱亡国之君的命运。
早在一个月前，当他听到李自成攻进北京城的消息时，一剑刺死了来给自己告急得太监王廉。他借酒浇愁，用酒精麻痹着自己极度脆弱的神经，长叹道：“苦我民尔！”，又用剑刺死来劝降的太监张殷。
接着令人带自己的三个儿子：16岁的太子朱慈烺、12岁的永王朱慈炤、13岁的定王朱慈炯逃命，临别之时，他为之解去“常服”，换上敞衣，并告诉他们：“汝今日为太子，明日为平人。在乱离之中，匿形迹，藏名姓，见年老者呼之以翁，年少者呼之以伯叔。万一得全，来报父母仇，勿忘我今日戒也”。
崇祯帝不忍妻女落入贼手，逼周皇后、袁贵妃、懿安张皇后自尽，砍死嫔妃数人；他一边悲哭地喊着“汝何故生我家！”一边用刀劈向长平公主，又用剑刺死6岁的昭仁公主。
逼妻、杀女、让儿逃命后，4月19日，崇祯皇帝易服带佩刀，带着提督太监王承恩“手持三眼枪”，后面跟随着数十名太监，“皆骑而持斧”趁夜突围。他们先跑向东华门，可是这里义军的乱箭如雨，使他们无法前行。
他们又跑到齐化门（朝阳门），可驸马、成国公朱纯臣却在里面紧锁大门，任崇祯等人怎么敲门，怎么喊叫，他也不予理睬。
无奈的崇祯帝又转向安定门，可守门人员早就带着钥匙逃跑了，这里大门深锁，太监们用利斧亦无法劈开大门。崇祯帝心里五味杂陈，绝望透顶，城外灯火通明，喊杀声不断。此时天渐渐亮了，崇祯帝只好转身返回皇宫。
他匆匆来到前殿，向景阳钟奔去，一下又一下地用力敲着钟，这口大钟曾无数次地召唤着文武百官来上朝，200多年来天天如此。
像往常一样，钟声响了54下，可是再也唤不来任何一个大臣。
此时的崇祯帝已经后悔没有答应南迁，就在李自成进军北京前，就有大臣提议南迁。明朝在南方还有百万大军，在陪都南京还有一套完整的备用中央机构，可崇祯帝死要面子，在东林党反对南迁的情况下，他找不到背锅侠，没人愿意承担弃都南下的罪名，自尊心让崇祯帝一直犹豫不决。猜疑心重的崇祯帝又拒绝了大臣提出的“先让太子前往南京”的建议，疑心病的他认为，万一北方形势告急，南方的大臣拥戴太子即位，那自己就完了，而这在历史上不是没有过。因而崇祯帝拒绝了南迁，他说“朕经营天下十几年尚不能济，哥儿们孩子家，做得甚事！”。
但，悔之晚矣！
此时，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎刘宗敏的军队进入，中午，太监王德化引导着李自成，从德胜门入，经承天门步入内殿。
天空下着雨，崇祯帝大喊着“诸臣误朕，臣是亡国之臣，朕非亡国之君”，他惊慌失措，失魂落魄地跑向皇家禁苑万寿山（煤山，今景山公园）。这里成了崇祯最后的目的地。
他在蓝色袍服上留下绝命血书：
这也是崇祯皇帝第六次下罪己诏。
然后在一颗歪脖老槐树下自缢，他以身殉国，死时穿着白夹蓝袍，白细裤，光着左脚，右脚穿着一只红鞋，身边只有提督太监王承恩陪同，就这样崇祯帝结束了自己悲凉的一生。
他死的这天成为大明王朝的亡国祭日，每年的这天，黄宗羲、顾炎武等明末遗民必沐浴更衣、面向北方、焚香叩首、失声恸哭。
崇祯帝身边唯一的陪同王承恩也吊死在旁边的海棠树上。后来被葬入明十三陵，成为历史上唯一被葬入皇陵的太监。
崇祯死后，明朝工部尚书范景文、户部尚书倪元璐等40多人本着“生是大明的臣，死是大明的鬼”的信念携家眷自杀殉国；但更多的“识时务”的老臣，着急忙慌地投降了李自成。
李自成是怎样对待崇祯帝的？
李自成进入皇宫后，进行清宫，对崇祯帝“活要见人死要见尸”，他令人四处寻找崇祯帝，并下令“献帝者赏万金，封伯爵。匿者灭族”。
崇祯帝的尸体在树上被吊了2天后，才被大顺军发现。
李自成下令将崇祯“礼葬”，他让大顺军将崇祯帝的尸体用两扇门板抬出，将帝后尸体停在东华门侧，装入柳木棺内，安置在东华门外临时搭建的灵棚内，设厂示众，举行公祭，场景及其简陋凄凉。
在东华门，明朝的大多数官员唯恐避之不及，不敢去看。“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，其余皆睥睨过之。”
在崇祯帝和周皇后停灵期间，翰林院庶吉士周钟经过灵柩时，直接策马而过，连一下都没有祭拜，竟屁颠屁颠地去为李自成的登基去起草诏书去了。
那些被崇祯提拔的众多大臣，无视崇祯帝灵柩，奴颜婢膝跪在了紫禁城门外，他们身着青衣小帽，“匍伏听点”，等待新主子的垂怜。
只有京营总督襄城伯李国桢为了善后崇祯帝，尽了最大的努力，他“泥首去帻，踉跄奔赴，跪梓宫前大哭”。
农民军将他押赴到李自成跟前。他“以头触阶，血流被面”。面对李自成的劝降，李国桢拒绝下跪，提出三个条件：
- 不能破坏明代帝王陵寝；
- 用天子礼葬崇祯皇帝；
- 放过太子及二王。
又加上兵部郎成德、主事刘养贞等齐力请求李自成厚葬崇祯帝，李自成点头答应。
崇祯帝这才被重新改殡，以红漆棺殡帝，黝漆棺殡周后。崇祯帝头戴翼善冠，身着衮玉渗金袍，周后亦依制加袍带。后来移入佛寺。
崇祯帝活着时非常节俭，并没有为自己建造陵墓，而对崇祯帝，李自成只是口头下令 “礼葬”，他这样做也只是为维护自己的新政权做做样子罢了，并没有真正付诸行动。关于这点，昌平州官吏赵一桂是知情人，他在《状中州》中有说明。
赵一桂曾经参与了埋葬崇祯帝和周皇后。
他说，李自成是下过埋葬崇祯帝的命令，可他只是说说，并没有给任何的丧葬费。
葬崇祯帝时，是赵一桂和一些士子、村民们组织的募捐。他们凑了“三百四十千钱”，最后“督工四昼夜”，至1644年、在农历四月四日，才将崇祯皇帝和周皇后草草葬入了当时已经先逝世的崇祯的爱妃、田贵妃墓中。崇祯帝后，在李自成的命令下就这样葬入了田妃墓中。
三个人被潦草合葬在一处，这就是明十三陵中的思陵。清朝入主中原后，为收买人心，笼络汉族地主阶级为清廷效力，才将这座陵墓命名为“思陵”，并营建了地上园寝建筑。
总结：
李自成当时想着一统天下，他准备利用明朝宗室来拉拢人心，当他发现了皇子朱慈烺时，并没有杀他，而是封他为宋王，并带着他去山海关招降吴三桂。
礼葬崇祯帝有其明显的政治目的，他虽然在起义的过程中和明朝死斗，但建立新政权后，他考虑到既需要承认前朝的正统性，又需要证明自己继承的正统性，故而以天子之礼葬崇祯帝，主要是为了维护自己的统治。
但是李自成既想达到自己的这个目的，又不愿花钱，加上明朝遗臣的苦求，才名义上答应以天子之礼安葬崇祯帝，只是下了个空口命令，最后还是昌平小吏赵一桂等人将崇祯帝与皇后合葬入昌平县田贵妃的墓穴中。
