巧克力囊肿的最佳治疗时间是发现即治疗，越早越好。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，其发病机制是子宫内膜组织生长到子宫腔以外的部位，当异位的子宫内膜病灶生长在卵巢上，随着月经次数的增多，就会形成囊性肿物，且随着月经逐渐增大。患有巧克力囊肿的女性，会出现进行性加重的痛经，月经量增多，腰腹部不适，性交痛，继发不孕等症状，患者也多是因这些症状来就诊的。由于巧克力囊肿是一个不断进展的疾病，所以一旦诊断为巧克力囊肿，就应该及时给予治疗，以免导致病情逐渐加重，甚至囊肿破裂等情况。
治疗巧克力囊肿也要根据患者的年龄，症状，是否生育来选择治疗方式。一般年轻患者，或症状轻微患者，可选择使用促性腺激素释放激素激动剂类药物连用6个月。如年老患者或已生育患者，保守治疗无效的患者，则建议手术治疗。
