卵巢囊肿可为单侧、双侧，但无论发生于左侧还是右侧，基本处理原则相同。卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，如滤泡囊肿、黄体囊肿、巧克力囊肿，前两者称为功能性卵巢囊肿，是临床较常见类型。而病理性囊肿可以理解为确实出现肿瘤，往往需要治疗。
功能性卵巢囊肿是女性在月经周期中卵巢的周期性变化中形成的囊性结构，往往出现在排卵期间或排卵后。当正常卵巢卵子发育成熟，形成滤泡囊肿；排卵后形成黄体，增大时形成黄体囊肿。这类功能性卵巢囊肿，多数都无明显症状和体征，往往妇科超声发现，且体积较小，大多不超过5cm。这类囊肿通常对人体是无害的，一般无需治疗可随月经自行消失，只需定期复查（约1-2月后复查妇科超声评估囊肿大小及形状是否发生改变）。
当囊肿较大，不随月经消失，则应当考虑是病理性囊肿，则需要手术治疗，因为卵巢病理性囊肿有一定的恶变几率。可择期行腹腔镜下卵巢囊肿切除术，术中尽量完整剥离囊壁，尽可能减少对正常卵巢组织的损害；如囊肿发生扭转、破裂，可出现突发剧烈腹痛、内出血或休克症状，应立即送医行紧急手术，对于年老、无生育要求者，必要时可给与腹腔镜下卵巢切除术。
此外，有一类特殊的囊肿俗称巧克力囊肿，简称巧囊，医学上称为子宫内膜异位囊肿，是种植于卵巢的子宫内膜样组织随月经发生周期性增生、脱落，经血累积膨胀形成囊肿。因囊肿内为暗红色的陈旧经血，状如热巧克力，故而得名。这类囊肿比较常见，患者可有经期疼痛，也可没有任何症状，通过体检超声发现，由于这类囊肿会导致不孕、粘连、侵蚀卵巢甚至周围脏器，也容易恶变，因此主张手术治疗，如腹腔镜下巧囊切除术，但即使切除仍容易复发，尤其年轻人复发几率更高，术后还应继续药物治疗。
