黎元洪分化瓦解革命力量，加紧集权。他利用亲信孙发绪、饶汉祥、杜锡钧等人，密密勾结原共进会领导人、军务部长孙武，拥黎自重，摧残湖北革命力量，打击、排挤原文学社系统革命党人和在湖北的同盟会领导人；临时政府成立后，又公开拥袁、拥黎，排孙、排黄，反对临时政府和同盟会。孙武等人，因没有选上临时政府各部总长，迁怒于孙中山、黄兴，攻击临时政府是“败将逃官，沆瀣一气”。
孙发绪乘机盅惑在宁不得志鄂人，谓南京政府排鄂，鄂人功高多材，应另树一帜，与之相抗。于是孙武、孙发绪、刘成禺等人，拉拢一批失意的文武官僚政客，在上海成立一个新政党民社，与同盟会公开对立。列名发起成立民社的人有：黎元洪、蓝天蔚、谭延闓、王正廷、王鸿猷、李登辉、孙武、朱瑞、张振武、吴敬恒、杨曾蔚、刘成禺、项骧、宁调元、孙发绪、周恢、张伯烈、汪彭年、高正中、朱立刚、徐伟、高彤墀、郭健霄、何震等。1912 年 1 月 16 日，在上海旅泰开成立大会，临时推举孙发绪为主席，决定在上海设立民社本部，选举职员，公推吴敬恒为总干事，何震为秘书。主事者为孙武，最活跃的是孙发绪，黎元洪为后盾。
民社成立后，在报端发表《民社缘起》、《民社规约》，标榜卢梭人民主权说，持进步主义，以谋国利民福。拥护黎元洪为首领，向同盟会争权。他们在上海创办民社机关报《民声日报》，在武汉成立民社支部，公举黎元洪为社长，孙武为副社长，孙发绪为评议长，丁立中为总干事。民社的中心实际上由上海移到武汉。黎元洪、孙发绪等，以民社为据点，掀起反对临时政府的浪潮。
孙发绪在一次会上说：“孙文说话，完全是骗人的。从欧美回来，想做现成的总统。此次组织政府，所用的人，都是他从前打滥仗的朋友。我们万不可同他联合，免得陪着他一路垮台。”他盅惑说：“黎氏德高望重，虽华盛顿复生无以过之。鄂中将士，皆起义有功，而南京政府均漠置之，且以湖北全省矿产及赋税抵借外债，并谓武昌内政不良，将练一军平武昌。”
黎元洪抱定主义，另立门户，垄断湖北一切政权，联袁拒孙。黎元洪稳固掌握了湖北的政权后，又掌握军权。他利用孙武与蒋翊武之间的矛盾，免去蒋翊武的护理总司令职务，又将节制各军的谭人凤派为赴上海的议和代表，令心腹吴兆麟为总司令。吴兆麟立即改组司令部，设立参谋、副官、秘书、军法四处，其中只有 1 个副官是革命党人，又将原步、炮、马各队 11 个协的兵力编为 3 个大防御区，另编 2 大队和 1 个总预备队。每防区和每个队均设司令官 1 人，6 名司令官中，革命党人只有 2 人，其他均为旧军官，而且统率先锋军的总预备队总司令官也安插了黎元洪的心腹王安澜。原由革命党人掌握的军队，基本上已掌握在黎元洪为首的旧官僚手里。
杜锡钧又给孙武出谋划策：“一旦和议告成，鄂省需进行之事甚多，黎元洪既当副总统，都督一席势必易人。谁人呢？非你孙武不可。做都督又非掌兵权不可，而现在兵权均在战时总司令吴兆麟手里，不如趁北伐时机，采取调虎离山之计把吴调开，请黎元洪下令将军队归军务部节制。”孙武颇和黎元洪各自装着杜锡钧所献计策，一起商讨扩军计划。把吴兆麟划分的 3 个防区改为 3 镇，令吴统率第 3 镇作为北伐第一军，吴为第一军总司令。此外，湖南、江西、安徽、广西、江苏、南京、贵州、广东、云南等省赴鄂援军近 10 万人编为第二、第三军，以江西援鄂军统领李烈钧为第二军总司令，统率安徽、江西、九江、南京各地援军，及鄂军第 3 协；以广西援军赵恒锡为第三军总司令，均归大元帅黎元洪统辖。其余鄂军部队编为守备部队和留守部队 3 个协，留守部队还包括炮兵 2 标、工程兵 1 营，归黎元洪统辖。
杜锡钧又在孙武面前挑唆：“吴任此职，大功告竣，吴之功劳权势愈大，是后患也，宜设法牵制。”孙武、杜锡钧商定，请黎元洪改派吴为尚未建成的第 4 镇统制，暂指挥第一军所属军队。黎元洪不能驳孙武的面子，认为吴兆麟是自己人，好说话，如不行，再令他作参谋总长。于是照孙武的意思派人送给吴兆麟。吴颇为恼火，立即打电话给黎，表示不满。黎元洪只得任命吴为大元帅府参谋总长，孙武接任第一军总司令。
孙武争权、黎元洪朝令夕改，引起革命党人及军政府人员不满，总监刘公对吴兆麟道：“黎之左右，非驱逐不可！”杜锡钧闻风逃往汉口，派心腹潜往武昌，面晤孙武道：“先生若就第 1 军军统，则军务部势必易人，就小遗大，甚为先生不取也。不如此时辞去军统之职，再由先生保荐一心腹之人，先生间接遥制之。此两全之策也。”孙武正为遭到众人反对而懊悔，听了这番话便向黎元洪建议暂命杜锡钧代理第一军总司令。黎元洪从恶如流，杜亦是他的心腹，又卖孙武的面子。于是，杜的目的便达到了。
黎元洪以大元帅名义下了准备北伐的命令，命第一军由阳逻向黄陂方面前进；第二军由黄陂进占祁家湾，然后沿铁道线向三议埠行进；第三军占领新沟、汉川，嗣后即由孝感进攻。三军均需在停战期满，即 1 月 15日晨 8 时完成如上军事行动，一旦和议破裂，即向盘踞在杨店和孝感之敌发起正式进攻。但黎元洪雷声大雨点小，他的主要希望是寄托在同袁世凯的和谈上，北伐仅成为他扩张军队的口实。
袁世凯逼迫清帝退位，2 月 15 日，南京临时参议院根据孙中山推荐，以 17 票选举定世凯为中华民国第二任临时大总统。不久，又选黎元洪为副总统。
1912 年 ，中国出现了组党热潮，3 月 3 日，同盟会在南京三牌楼第一舞台召开本部全体大会，四五千人到会，选举孙中山为总理，黄兴、黎元洪为协理，宣布同盟会正式改组为公开的政党。同盟会组织迅速发展，一批官僚，政客和投机分子被拉入会内，如黎元洪被选为协理，造成组织严重不纯。4月初，孙中山应黎元洪的邀请，偕同胡汉民、汪精卫等人乘船到达武汉，黎元洪派孙武、蒋翊武乘小轮至孙中山座舰迎请登岸，黎元洪率文武官员在都督府门前脱帽站立迎候，他是第一次见到这位蜚声中外的革命领袖。孙中山力赞黎元洪为中华第一伟人；黎元洪复颂孙中山功成身退，决非当今俊杰所及。孙中山当面敦请黎作同盟会协理，黎未置可否。显然，黎元洪借孙中山抬高了自己在革命党人中的威信。
在湖北，黎元洪裁减了 7 个师，7 万人。8 月 15 日，突然发生了袁世凯枪杀武昌首义革命党人张振武、方维的严重事件。消息传出，举国震惊。张振武、方维被杀，是袁世凯、黎元洪串通一气，狼狈为奸，屠杀革命党人的典型事例。
黎元洪坐镇湖北，多次屠杀革命党人。湖北革命党人内部早有矛盾。以刘公、孙武为首的共进会与蒋翊武为首的文学社两大革命团体在联合之前，就存在门户之见。武昌起义前夕，为适应革命形势发展的需要，建立了联合总部，一起取得了武昌起义的胜利。在初期，即革命党人组成谋略处，与旧军人、立宪派抗衡的时期，两团体合作得较好。但在联合总部组成中，共进会占据明显优势。在湖北军政府建成时，掌握军政府实权的军务部部长孙武、副部长张振武，均系共进会党人。文学社对此不满，一直存有戒心。文学社领导人之一詹大悲成立汉口军政分府，便在蒋翊武的积极支持下，大量安插文学社社员。在文学社社员心目中，只有汉口军政分府才可赖以维持革命系统。他们往往不受武昌政府的指挥，自行其是，想在汉口另树一帜，以待将来改组湖北军政府。湖北军务部长孙武为了巩固和扩大自己的权势，一面打击文学社党人，一面与黎元洪为首的旧势力相勾结，拥黎以自重。而黎元洪也需要寻找党人首领作为代理人，于是，孙武与黎元洪的勾结日益加紧。
黄兴来武汉督师，孙武因忌妒黄兴的威信，与黎元洪为首的旧军官势力更加紧密勾结，与黄兴对立；蒋翊武等文学社党人则拥戴黄兴。恰值黄兴、宋教仁、胡瑛等同盟会领导人和蒋翊武、杨王鹏、宋锡全等文学社党人均为湖南人，而孙武、黎元洪等均为湖北人，便形成了以黄兴为首的在鄂同盟会党人与将翊武为首的文学社党人为一方，同以孙武为首的共进会党人与黎元洪为首的旧官僚势力为另一方的两个派系之间的矛盾斗争。
1911 年 10 月 29 日，詹大悲看到汉口不守，同文学社员温楚珩、何海鸣等人乘轮离鄂去安庆，得到安徽革命党人的支援。对于詹之弃职东下，黎元洪宣称为军法不容，孙武说是拆革命的台。汉口失陷前夕，受文学社拥戴的胡瑛，虽然担任了军政府外交部长，但仍不满足个人权欲，利用文学社的不满情绪，挑唆驻汉阳的民军协统宋锡全于 11 月 1 日晚，自汉阳率兵撤往湖南，造成汉阳防守空虚。湖北军政府闻讯后，即电湖南都督将宋锡全就地正法，首级解武昌悬城示众 3 日。与宋同行的王宪章、胡玉珍等，经蒋翊武、蔡济民力保方获释。由于宋走时佯称奉黄兴之令，时人信以为真，故宋被杀又引起文学社不满。
汉阳失守，黄兴东下，蒋翊武任战时总司令。军务部根据第 5 协协统熊秉坤的报告称，第 5 协第 10 标标统、文学社员杨传连前在汉阳临战时，私卸武装欲逃，将杨的职务撤销。蒋闻讯大怒，函知军务部及熊秉坤，宣称欲撤熊协统之职。孙武便以军务部长名义召开会议，第 7 协统领、与孙武关系密切的邓玉麟发言说：“今军事紧急，各军皆布列江岸战斗线内，而蒋代理总司令乃欲撤熊协统，殊属悖谬已极，将来军事必败于一人之手，安能久任此糊涂竖子耶！”于是，孙武等决计捧出谭人凤出任武昌防御使兼北方招讨使，将蒋翊武撤职。蒋被撤职，愤愤不平。其他文学社党人也对孙武等共进会领导人满腔恼怒。
孙武对与他意见相左的共进会负责人之一、军务副部长张振武也排挤打击，以致势成水火。由于孙武、蒋翊武、张振武 3 人之间的矛盾极为尖锐，且都有一定的实力，3 人又分别担任军务部长和副部长，时人称之为“鄂军三武”。随着南北议和达成协议，黎元洪日益倒向袁世凯，“三武”的政治态度也愈益分野：孙武组织民社，支持黎元洪，反对南京临时政府；蒋翊武则亲近黄兴，支持南京临时政府；张振武处于中间状态，但对湖北局势不满，声言要进行“二次革命”。
蒋翊武、张振武为了与孙武把持的《中华民国公报》抗衡，先后分别办起了《民心报》、《震旦民报》，抒发自己的政治意向，互相攻讦，在湖北军政府内形成了“三武鼎立”的局面。孙武因与吴兆麟争夺北伐第一军总司令，也发生了矛盾，总监刘公也对孙颇为不满。孙武树敌过多，除了政治原因外，他盛气凌人，飞扬跋扈，攘功怙权，无所不至，不但排斥和打击文学社党人，即对共进会同志也不大重视，所以同志们怨言极多。革命党人和军政府内的不满矛头，均指向孙武一人，驱孙几成普遍要求。
黎元洪就利用大家对孙武的不满情绪，从中挑拨。若有人对黎处理的事情不满时，他便说：“这是孙尧卿（孙武）的意思，是孙尧卿他们议妥了让我盖章的。”他既把责任推到了孙武身上，又挑拨革命党人之间的关系，致使党人把对军政府的不满情绪均集中到孙武头上，反对孙武的情绪终于导致一场以“倒孙”为目标的事变。
黄申芗，1932年秘密加入中国共产党
倒孙事变的发起人是共进会员黄申芗。黄在革命准备阶段曾广泛联络会党，并在军队中发起革命团体种族研究会，拥有会员 80 余人，又联络其他团体，联络军中同志 500 余人。孙武自日本回鄂后，组织共进会，黄加入，将所联络团体归并成为共进会的群众基础。孙武对他极为器重，以孙中山名义委任他为大都校。但后来他一直没有被重用，武昌起义时，初任他为民军第 4 镇第 7 协第 14 标统带。1912 年 2 月，湖北军队编为 8 个镇以后，他升为协统。但资格和能力都在他之下的高尚志却是他的顶头上司（镇统制），他对这个委任不满，碍于面子，才勉强到军务部找孙武，谢军务部对他的委任。未料到，孙武对他的态度非常傲慢。孙坐在靠椅上，双足俱跣，昂然不动，慢条斯理地问道：“你来了，接到委札没有？”黄申芗已是怒火中烧。孙武又道：“协统不小呀，你好生的干，听着没有？”黄申芗见他太瞧不起人，强忍怒火不辞而去，到处说：“尧卿得意忘形，连老朋友也不认识，我非杀他不可！”黄申芗与群英会的领袖向海潜关系极为密切，而且二人都是湖北大冶人。群英会是向海潜等在武昌起义之前建立的会党性的反清团体，基本群众对外称 108 人，取水浒梁山伯聚义 108 将之意，实际人数远不止此数。曾得到文学社刘复基等人的支持，但文学社不吸收会党，故武昌起义前，群英会大多数加入共进会。黄申芗发动“倒孙”运动，便以向海潜的群英会相号召。提出“改良政治”的口号，组织“改良政治群英会”，企图驱黎倒孙，改组湖北军政府。后又收缩目标，专门打击孙武。黄申芗为了团结各路人马，参加倒孙事变的人员很复杂，有文学社员王文锦、王国栋领导的伤兵团体毕血会、武昌起义以后从四川返鄂的原 31标组成的教导团、起义老兵组成的将校团，以及义勇团、学生军等士兵组织。这些人各自带有不同的目的，有出于对孙武勾结黎元洪植党营私，打击革命党人不满的；有革命有功人员因被置之闲散、或因伤残未得到应有的抚恤，而对军务部不满的；也有因个人权位未得到满足而郁郁不得志的，等等。由于参加人员极复杂，行动起来就没有统一的政治方向，也没有严密的组织系统。惟因同盟会、文学社中人暗中与群英会携手，文学社机关报《民心报》社，便无形中成为联络机关。起事时，各军重要人员，往来报社络绎不绝。
孙武对下面的不满情绪，有所耳闻，故以军务部长名义与副部长蒋翊武联合发出布告，针对群英会警告说：“近月以来，流言蜂起，争权利，挟意气，怀疑诈，树党援，第二次革命之风潮几于昌言不讳，试问此等无意识之举动为公乎？为私乎？其推倒异族乎？抑自残同类乎？……我同胞宜慎思之。”但为时已晚，不能奏效。
向海潜于 1912 年 2 月 27 日晚 10 时，对空放了一排枪，是为起事信号。毕血团、将校团、教导团、义勇团、学生军一齐出动，以黄申芗为总司令，在武昌城内采取暴力行动，驱逐孙武及其亲信镇统制邓玉麟、近卫军统制高尚志等人。起事队伍佩戴“群英会”徽章，手持百旗，上书“改良政治”、“驱除民贼”、“保商保民”等字样，上街游行，鸣枪示警，高喊“打倒孙武”、“打倒军务部长”等口号。
孙武、邓玉麟、高尚志等事先得到消息，已避走汉口。群英会发出告示，只诛孙武一人。但由于诸人协谋时各有忿心，本非一致，祸机既发，各赴其事，内务部与军务部同时被扰，各部人员纷纷逃匿。参加事变人员一时失去控制，秩序大乱，军政机关，破坏殆尽，乱兵盛行抢劫，借机报复。第2 镇统制文学社骨干张廷辅亦于当夜被乱兵所杀；蔡济民被绑架，经黎元洪力保，方得被释。黄申芗见孙武已逃，于次日天明把他在武昌大朝街的寓所查抄，并扣押了孙武的家眷，不许随便出入，抄出的箱笼推积如山。称孙为“民贼”、“悬赏购孙头”。
孙武在汉口闻讯，怒不可遏，要调兵平乱，实际上已无兵可调。后经汉口绅商蔡辅卿等恳劝，又与武昌黎元洪商妥，向起事人提出 3 个条件：（1）不得动摇都督；（2）不得累及无辜；（3）不得骚扰平民。孙武发表退职宣言后了事。孙武辞职后即寓居汉口，在英租界组织武汉民社，继续从事拥袁、黎，反对同盟会的政治活动。
黎元洪的本意是以革命党来残害革命党，他巴不得利用党人之间的矛盾，把孙武搞掉。在事变发生前，他已得到消息，但并不制止，摆出一副坐山观虎斗的姿态；孙武也曾向他上书辞职，以免凶终，他却再三挽留，不使孙武离位，要把笑话看到底。事变后，孙武果然被逐，他心中暗喜，顺水推舟地接受了群英会的要求，批准孙武辞职。另一方面，对驱孙的发动者黄申芗，同样不客气，当众申斥黄破坏秩序，给 5000 元作路费，要他立即出国留学。
黎元洪以镇压“叛乱”的口吻致电鄂省各军事机关：军务部长孙武，昨已平和解决，市廛无惊，秩序如常，各机关照旧办公，望勿轻听谣诼，仍在该地镇慑，是为至要。由于孙武、邓玉麟、高尚志等去职，黎元洪名副其实地独揽了湖北的军政大权。他首先将军务部改为军政司，原军务部副部长蒋翊武、张振武一同去职，改充都督府顾问，任命旧军官曾广大为军务长。为平革命党人之气，3天后又改任蔡济民为司长，但军务司失去了军官的任免权。改组后的军法处则成了黎元洪用来任意屠杀湖北革命党人的工具。
第 2 镇统制张廷辅被杀，近卫军统制高尚志和第 4 镇统制邓玉麟去职，取代的均是黎元洪的心腹、爪牙。在黎元洪的周围不但早已聚集了一帮阴险狡猾的文人政客，又聚拢了一批野蛮凶悍的旧军官以及共进会的败类，杀人不眨眼的蔡汉卿和与他同有“屠户”之称的军法处长程汉卿等，组成了一个极端反动的统治集团，对湖北革命党人施行血腥镇压。
张廷辅
黎元洪不但把革命党人从军务部赶走，而且把其他几个革命党人部长，如内务部长杨时杰、教育部长苏成章、副部长查光佛、实业部副部长牟鸿勋等均撤职，换上旧官僚。黎元洪又撤销了总监察，改组为纠察处。不及半月，黎元洪仍嫌纠察处碍脚，又下令改为纠察院，大大缩小编制，只留 60 名工作人员，其余近千人全部遣散。军务部和监察处本是革命党人对黎元洪的都督权力限制最大的两个职能部门，现在这两个职能部门均取销、缩小，改变了性质，完全在黎元洪的控制之下。
可悲的是，革命党人未能自觉地把“驱孙”与“倒黎”结合起来，把“驱孙”看作是“党争”，共进会、文学社，仇恨日深，形成势不两立，加剧了革命党人之间的矛盾，黎元洪坐收渔人之利。孙中山接到报告，立即意识到湖北党人存在内争不利于革命，当即发电报给鄂省同志进行调解，可惜鞭长莫及。
文学社社长蒋翊武没有看到黎元洪的阴谋，发出“保全大局，不遭人忌”8 个字通告全体社员，甚至说：“如有不遵我副总统之命令及损失我副总统之威严者，惟以武装维持治安耳。”蒋的态度遭到文学社同志非难，有人批评他“胆小畏事，不足表率群英”。
共进会在武昌开设的同兴酒楼
4 月，同盟会在湖北组织支部，以石瑛为支部长，文学社与同盟会支部合并，文学社副社长王宪章被推为副支部长。民社成立后，共进会发生分化，部分共进会骨干，如居正、杨玉如、李作栋等回到同盟会阵营，杨玉如当选为同盟会鄂支部总务干事。7 月 14 日，民社与统一党等合并的共和党湖北支部成立，孙武当选为支部长。从此，湖北的两大革命团体——文学社与共进会的组织，不复存在，代之以同盟会与共和党。
黎元洪在同革命党人争夺权力的实践中，看出革命党人的力量多集中在军事部门，便提出“军民分治”的口号，将总揽军、民两政大权的军政府撤销，另立平行的都督府和民政府，都督和民政长各司其事，两不相扰。这样，都督独揽军事大权，可以削弱革命党人的军权。又规定民政府的民政长必须由“富于政治经验”之人担任，借此起用前清旧官僚，以旧官僚掌握行政大权，消除革命党人势力，是旧势力复辟夺权的一个重大政治步骤。
黎元洪选中了清朝老官僚樊增祥作湖北民政长。樊原籍湖北，曾任过清朝知县、布政使等官，曾护理两江总督，武昌起义后寓居上海。黎元洪派人带着他的书信赴沪，恳切敦请。樊意存观望，坚不赴任。黎电请袁世凯以大总统名义对樊加以委任，但樊仍不肯出山。黎元洪又推荐另一前清旧官僚刘心源暂代湖北民政长，袁又命刘署理湖北民政长，刘只答应代理 3个月。
刘心源
民政府下设内务、外交、财政、实业、司法、交通、教育 7 个司。由夏寿康、李作栋、李四光、姚晋圻、伍朝枢、张知本、熊继贞分别担任司长。民政府刚刚成立 1 个月，下属几个司长均易人，革命党人李作栋、李四光、张知本、熊继贞都是过去军政府各部部长，民政府成立后，分别担任财政、实业、交通、司法司司长。黎元洪、刘心源迫使他们辞职，以满清旧吏代替，美其名曰“有经验”、“重资格”。湖北军民分治的实施，是黎元洪全部篡夺湖北军政大权的标志，也是湖北辛亥革命失败的标志。
黎元洪的军民分治，进一步激化了他与革命党人之间的矛盾，激起湖北“第三次革命”风潮。
刘心源将民政府中大部分革命党人排挤出去，引起军界同盟会党人不满；刘心源引用私人，因刘是嘉鱼人，致外间有称民政府为嘉鱼会馆，以致群情大愤，密议推倒。一些反对同盟会的人乘机造谣生事，扩大事态。在都督府的一次军事会议上，共和党人造谣道：“同盟会在京争内阁，恐不胜，特派杨玉如君回鄂运动军队，以王宪章为主动。”他们还在会上宣布：“同盟会鄂支部副理事长王宪章、总务干事杨玉如等多人因不得重要位置，欲谋危黎副总统，推倒鄂军政府。”同盟会党人起而反对共和党诬陷，引起争论，继竟斗殴。黎元洪调卫兵胁迫会议解散。上海同盟会机关部特致电黎元洪，指出上述传闻，系反对党因王、杨为同盟会支部干事，故有意中伤。同盟会本部干事居正、胡秉珂特为此事去会见黎元洪，声明：“但使共和政体一日无颠覆之虞，同盟会断不致有革命之举。”黎元洪当面保证：“日内派兵巡城，亦为防范宵小起见，与同盟会并无丝毫嫌疑。如有人心存破坏，我必力饬保护。”黎元洪的话是向来靠不住的，都督府军事参议王宪章、都督府顾问杨玉如、警察学校监学祝制六被他解职。王、杨被迫离鄂赴沪。同盟会员祝制六、江光国、滕亚纲原系文学社党人，由于文学社屡遭黎元洪镇压，心中极为愤恨，积不能平。遂秘密联络，组织改良政治团，设立秘密机关，欲图改革政治，改组都督府，时称“第三次革命”。
杨玉如
这时，毕血会因退伍问题发生风潮，几致暴动。黎元洪下令戒严，发出严令：“有暴动及擅自开枪聚众者，格杀勿论。若被捕获，则就地正法。”祝制六等初拟 7 月 8 日，后又改为 16 日起事，均因大雨未成，17 日，被都督府侦探探悉。黎元洪接到密报，立即调近卫军奔赴阅马厂同盟会事务所，将江光国、滕亚纲 2 人逮捕，交军法局审讯。又派出大批军警在汉口大公宾馆破获机关，逮捕祝制六，立即解送过江，押至武昌汉阳门码头即被杀害。江、滕也于当日下午在狱中被杀。
黎元洪又出布告，指控祝、江、滕私立机关，假改革政治为名，主持极端破坏，实属民国罪人。他宣布说：“本都督辟以止辟，刑期无刑，歼厥渠魁，胁从罔治。……乱党经伏诛，此外概不追究。”黎元洪所说的“概不追究”是为了稳革命党人之心，目的是为了一网打尽。从 7 月 17 日开始，直至月底，破获机关数处，逮捕党人数十名，多数立时枪毙，少数永远监禁。黎还秘函驻汉口外国领事，要求协缉租界内之乱党。
黎元洪及其党羽在屠杀湖北革命党人的同时，大肆挑拨同盟会与共和党，以及“首义三武”之间的关系。7 月 18 日，黎元洪亲信孙发绪对孙武说：“居正、蒋翊武等人认为祝、江、滕 3 人被杀，是你主使，故对你欲兴问罪之师。”孙武立即上书黎元洪，建议“速将所杀乱党罪状宣布，通告国中，以免同盟会先声诬我湖北，并诬我副总统也。”
首义三武
同盟会不敢为被害战友辩诬，黎元洪更加猖獗，他屠杀了数十名革命党人之后，藉口《大江报》刊登社会党首领江亢虎的的一篇鼓吹无政府主义的文章，是“妖言惑众”，“破坏共和”，于 8 月 8 日将该报查封，该报编辑何海鸣、凌大同逃往上海。黎元洪又发出通电，指控《大江报》“实属大逆不道，悖谬已极”，宣布将何海鸣、凌大同一体严缉，就地正法，以惩悖逆。
《大江报》在武昌首义前就是革命报纸，因宣传革命，曾受清廷当局查封，主笔副主笔詹大悲、何海鸣被捕入狱。1912 年春，《大江报》复刊，发扬其一贯战斗作风，畅所欲言，毫不忌讳，对拥袁的共和党时加抨击，持论激昂。对共和党党魁黎元洪攻击尤为厉害，引起黎的忌恨。黎不顾一切地撕下“尊重舆论自由”的假面具，以“军法”惩治报界。
《大江报》被查封后，黎元洪遭到全国舆论抨击，上海《民权报》、《民立报》等 7 家报纸一致谴责黎“违背国宪，蔑视人权”，“以专制时代所不敢为者而黎公竟然为之”。黎元洪根本不听舆论忠告，倒行逆施，凌大同于 9 月自沪返鄂，化名凌乔，参与南湖马队暴动，被黎元洪抓捕枪毙。
《大江报》被查封后，同盟会在鄂喉舌《民心报》发表蔡寄鸥的《哀大江报》一文，抨击黎元洪：“夫黎元洪不过一庸常人耳，英雄不出，遂令竖子成名。吾虽爱黎，亦不能为之讳。”黎阅报恼羞成怒，拍案大呼：“何物狂生，敢呼余为竖子耶！《大江报》鼓吹无政府主义，而若辈公然庇护之，是非重办不可！”黎元洪下令将蔡寄鸥拿至都督府，经蒋翊武等说情力保，方释出，但《民心报》被他查封。
对黎元洪执掌湖北政权威胁最大的“首义三武”之首的孙武，已在群英会事件后倒台，还剩下“二式”，其中以张振武是黎元洪的心腹之患，他决定除掉张振武。
张振武湖北竹山人，肄业于湖北省师范学校，任小学教员，后加入共进会，为负责人之一。武昌起义时，他在群龙无首的情况下，与蔡济民共同挑起了指挥全局的重任。起义胜利后，出任军务部副部长，对于革命初期的政权建设、稳定革命秩序以及阳夏战争，都作出了突出的贡献。他思想激进，在武昌起义时，对旧势力的妥协思想较少，曾鲜明地反对黎元洪为都督，说：“我不相信他能够革命。”黎做都督后，他曾说过：“将黎元洪斩首示众。”汉阳失守后，黎元洪、孙武、孙发绪均支持放弃武昌的主张，张振武则激烈反对，怒斥：“敢言弃武昌者斩。”民国成立后，他发现革命果实有丧失的危险，见在黎元洪把持下的湖北政局日益恶化，便道：“鄂政不良，我等当再度革命。”他又在武昌国民公校开学典礼发表演说：“革命非数次不成，流血非万万人不止。”军政府成立时，军务部长孙武住院，军务部由张振武掌握，他在湖北军队中有较大影响，得鄂军士心。他直接掌握的军队将校团，约有 3000 余人，以心腹方维为团长。黎元洪在群英会事件后，下令将校团解散，但未能成功。黎又千方百计使将校团摆脱张振武控制，派去一心腹任副团长，遭到该团拒绝。黎又下令将该团编入其亲信王安澜统率的第 6 镇，又遭该团强烈反对，不得不收回成命。黎又设计，企图将该团改为军官学校，此又没成功。黎元洪下令遣散张振武直接掌握的另一支军队，这支部队是由原兵站总监所辖的 6 个大队，共 1000 余人。张振武则将这支队伍改编为军务司护卫队，黎元洪指责张“拥兵自卫”。议和期间，张振武以军务部副部长身份去上海购置枪械，准备北伐。有人电告黎元洪，说张耗费公款，械不合用。黎元洪派人去清查他的帐目，并电沪都督陈其美监视他的活动。张一怒返鄂，当面质问黎元洪：“你凭什么资格查我的帐？”黎连声解释：“此为尧卿所为，与我无关。”从此，他同黎元洪、孙武之间的矛盾日趋尖锐。
黎实行“军民分治”，藉故将武昌起义有功的革命党人、警视厅长顾庆云排挤去职，张大愤，立即上书黎元洪，严词诘责。黎闻后，恼羞成怒。黎改军务部为军务司，军务部正副部长孙武、蒋翊武、张振武同时被解除职务，孙、蒋均消极隐退，独张仍不甘退让，曾向黎要求留任，继续掌握将校团武装力量，不肯放手，致使黎席不安枕，去张之心遂决。
黎元洪虽然打算除掉张振武，又顾虑张系革命功臣，恐杀之影响波及全国，因此想出了一个借刀杀人的计策：假手袁世凯，在北京除掉张振武，可免却湖北发生动乱的危险。
3 月 19 日，黎元洪向袁世凯推荐张振武任“东三省边防使”，令其由鄂调拨精兵 1 镇，赴东三省驻扎。袁也表示同意，但到 4 月中旬，又借口东省大局已定，南军不服北方水土，阻止鄂省派兵屯扎东北，不愿革命党人屯兵在自己的侧背，张振武的边防使名目也随之取消。
黎元洪又多次密函袁世凯，以首义元勋 16 人在鄂党见纷歧，恐将来酿生他患，请其将各员调京内用，名义上酬报有功，实际为赶走革命势力。从 4 月份开始，袁世凯屡电首义党人百十人进京。诸人大都窥见及此，深恐脱离巢穴，势力薄弱，一再上书辞职。惟蒋翊武自恃兼人之才，欲一展其作用，电复袁世凯赴京供职。要求黎元洪给川资 1 万元，黎以鄂省有困难准拨 4000 元。蒋得川资，乘快车上路。
5 月 26 日，拙于心计的张振武满怀希望地与孙武一同北上。袁对“三武”一概给以顾问官虚衔。张大为不满，甚至对段祺瑞大发牢骚：“我湖北人只会做顾问官耶？”张又两次向袁呈递条陈，要求给以实职。袁无意认真对待，随便给他一个“蒙古屯垦使”的名义作为敷衍，张振武却很认真，又是申请经费，又是要求设立专门机构。袁又借口财政困难，不予理会，于是张负气留书而去。6 月中旬，张振武回武汉，凭自己在湖北的实力，在汉口设立屯垦事务所，向黎元洪每月索款 1000 元，准备招兵 1 镇，往蒙古赴任。黎元洪对张振武的复返武汉极为恼火，于是杀机顿起，却不敢贸然行事。
袁世凯和参谋次长陈宦派心腹万廷献来鄂，同黎元洪密谋后回京。7 月底，湖北籍民社派参议员刘成禺、郑万瞻等，受袁世凯派遣返鄂，调解孙、张矛盾。刘、郑在汉口嘉宾楼设宴招待孙、张及黎本唐、蔡济民等50 余人，进行调解。孙、张则自认前误，并誓以永无意见。黎元洪便装出要与张振武和好的姿态，邀请刘成禺、郑万瞻来调解。袁世凯来电，请张振武进京，说什么：“屯垦事正在筹商，何以径行回鄂？仰速来京筹划进行。”黎元洪给张振武路费 4000 元，促他迅即北上，刘成禺等也劝张携眷去京。他刚到北京，便向袁世凯呈递《上袁大总统书》，建议筹边之策。8月11日黎元洪起草了一道请袁杀张的密电，谓“张振武怙权结党，桀骜自恣。赴沪购枪，吞蚀巨款。当武昌二次蠢动之时，人心惶惶，振武暗煽将校团乘机思逞，幸该团深明大义，不为所惑。元洪念其前劳，屡予优容，终不悛改。因劝以调查边务，规划远谋。于是大总统有蒙古调查员之命。振武抵京后，复要求发巨款，设专局。一言不遂，潜行归鄂。飞扬跋扈，可见一斑。近更盅惑军士，勾结土匪，破坏共和，倡谋不轨。狼子野心，愈接愈厉。元洪爱既不能，忍又不敢，回肠荡气，仁智俱穷。伏乞将张振武立予正法，其随行方维系同恶相济，并乞一律处决，以照炯戒。元洪抚驭又无才，致起义健儿变为罪首，言之赧颜，予以处分，以谢张振武九泉之灵。”
袁于 15 日下捕杀张振武的军令，16 日张振武、方维同时被害。
同盟会本部于 8 月 22 日发布开除黎元洪的启事。启事指斥黎元洪暴戾恣睢，擅杀元勋，破坏约法，摇动民国，人神共愤，决定革去黎元洪本会协理，并除名，同盟会与黎元洪断决关系。
袁世凯杀张、方的主要目的是离间黎元洪与革命党人的关系，使其失去革命党人的拥护，成为孤家寡人，为己所用，成为千夫所指的过街老鼠，黎元洪知被袁所卖，非常尴尬。于是通电自白，19 日通电开列张振武“十大罪状”，21 日再次通电把“十大罪状”扩充至“十五大罪状”。黎元洪把张振武描写成十恶不赦、死有余辜的罪犯，黎元洪还列举了不得不采取特殊手段假手袁世凯将张、方杀于北京的“理由”，以诉自己“苦衷”。黎元洪还致电袁世凯，正式提出辞参谋总长及鄂军都督职，又向参议院辞副总统职。
张、方被杀的消息传到湖北，鄂人震骇，军人不平。谣言四起，黎令武昌戒严。黎首先派亲信部队将张、方统率的将校团包围，即日缴械退伍，黎元洪下令解散张振武所设军务司卫队和屯垦事务所，连张振武创办的民国男、女公校也下令取缔，后经教育司力争，才决定将两所学校收归公办。黎令汉口电报局总办孙发绪：“凡有关系之电，概行扣下，不为代送。凡交鄂报馆来去访函至汉口邮局，均派人检查拆阅。”谴责黎、袁的电函无法从武汉发出。
黎元洪得悉参议院要弹劾自己，非常紧张，连忙策划对付手段。他采纳饶汉祥献计：“假用鄂军人联名挽留为要挟地步，又用商会、教育会名义，电责参议院不应弹劾，恐摇动大局。”于是，湖北全体旅以上军官、各级军事学校校长、都督府军事顾问，以第 1 师师长黎本唐领衔，在黎元洪提出辞职的第 2 天发表通电，对民社派参议员提出的质问书进行了逐条驳斥，为黎元洪辩解。未过一日，湖北军界再次气势汹汹地发出通电，语气激烈，点名痛骂刘成禺、张伯烈，说他们“混乱是非，颠倒黑白，违反人民意思，亵渎副总统威严，是为丧心病狂，玷辱祖宗”。
在黎元洪及其亲信的煽动下，又有湖北教育总会、商会，武昌、夏口、汉阳议会，以及“湖北保安社绅耆暨全体士民”、“旅沪鄂人”等，也纷纷致电北京，斥责参议员，挽留黎元洪。稍后，鄂省议会也致电北京。黎元洪作贼心虚，连忙致电袁世凯，说是“军界通电，措词激烈，元洪往阻无及，索稿未获，深为惶歉。伏念元洪于振武案办理委曲，未能事先遍晓，致启诘问，故谨请失察之罪”。
黎元洪的这些活动，确实发生了作用。参议员们害怕动乱，袁世凯除亲自接见湖北议员外，又暗中运动共和党的非民社派议员，要他们说服民社派议员不要再坚持弹劾政府，一旦弹劾无效，则参议院必解散，大局为之动摇。稍后，袁世凯命参谋部次长陈宦、陆军部次长蒋作宾、海军部次长汤芗铭等宴请民社派议员，劝其勿迷于张振武私情与政府为难，即要求他们放弃弹劾案，民社派议员终于软化。为了保全面子，他们没有公开撤回弹劾案。
